RAW: Não.

RAW, o feitiço só termina Sanctuary no momento em que você está lançando o feitiço . Quando você joga Conjure Animals, você não está afetando uma criatura inimiga (você está apenas Conjurando animais). Se você usar o feitiço para afetar uma criatura inimiga , você não está lançando o feitiço novamente, assim ele não termina com o Santuário.

Um caso semelhante acontece com o Witch Bolt. Veja a explicação do designer de regras Jeremy Crawford aqui. Essencialmente, o Witch Bolt continua acertando depois de ser lançado . Se você lançar o Santuário após conjurar o Raio da Bruxa, o Raio da Bruxa causa dano, mas não termina o Santuário. ¹

Regras como pretendido

Não está claro. Do mesmo tweet acima, Witch Bolt deve encerrar o Sanctuary. Extrapolando esta linha de pensamento, não apenas lançar um feitiço para afetar uma criatura inimiga, mas usá-la (por exemplo, emitir o comando "Atacá-la" para seus lobos) também a encerraria. Também é discutível se emitir o comando é o mesmo que usar sua ação para "reformular" o feitiço, como em Witch Bolt.

Então, se você não estiver executando o RAW, cabe ao DM como ele vê o Sanctuary funcionando e o que deve terminar o seu efeito ou não. Por exemplo, Respiração do Dragão também não acaba - apesar de fazer algo bonito contra a concepção usual do Santuário . ¹

¹ Ambas as declarações não são mais verdadeiras devido à errata de novembro de 2018. Dano de dano agora termina em Santuário, assim a Respiração de Dragão, Arma de Respiração de Dragonborns e outros efeitos que tinham essa brecha agora terminam em Santuário.

A errata não muda essa resposta, no entanto.

Apenas para esclarecimentos, uma errata para o PHB foi lançada em novembro de 2018 . O texto agora declara:

If the warded creature makes an attack, casts a spell that affects an enemy, or deals damage to another creature, this spell ends.

Note, no entanto, que a criatura protegida, isto é, a que conjura Conjure Animals, não é a que causa dano à outra criatura. O animal conjurado é a criatura que causa dano.