De qual país seu companheiro de viagem se inscreve, é irrelevante para qual país você deve ser aplicado.
Can two persons with same flight ticket apply for visa from different countries?
Sim. Na verdade, é geralmente preferível aplicar-se a partir do seu país de residência. Em muitos países, é mesmo um requisito estrito . (Edit: ea embaixada da Malásia na Índia parece ser um exemplo disso, como a resposta do @phoog agora mostra.) Ambos devem aplicar em seus respectivos países de residência .
Se você estava pensando em se candidatar na Índia, uma das únicas situações em que você pode fazer isso é se você é um cidadão indiano. Mas, mesmo assim, você provavelmente ainda desejaria se inscrever em seu país de residência. É menos complicado e você evita as complicações descritas por mcenzm .