Seu DM está WRONG .
Os ataques iterativos em 3.5 são puramente uma função do aumento do bônus de ataque. Para cada 5 pontos, você ganha outro ataque. Assim, quando você alcança um BAB de +6, você pode, com uma ação de ataque completa, fazer dois ataques em + 6 / + 1. Com +11, você pode fazer três ataques, com + 11 / + 6 / + 1.
Com relação ao empilhamento, o D20 SRD é bem claro:
A base attack bonus is an attack roll bonus derived from character class and level or creature type and Hit Dice (or combinations thereof). Base attack bonuses increase at different rates for different character classes and creature types. A second attack is gained when a base attack bonus reaches +6, a third with a base attack bonus of +11 or higher, and a fourth with a base attack bonus of +16 or higher. Base attack bonuses gained from different sources, such as when a character is a multiclass character, stack.
As classes de prestígio, neste caso, não são diferentes de qualquer outra classe. Se você tiver um BAB de +7 em 7 níveis de Duelist e um BAB de +9 em 9 níveis de Fighter, eles acumularão um combinado de +16, gerando quatro ataques iterativos, em + 16 / + 11 / + 6 / + 1.
Tenha em mente que ataques iterativos são somente disponíveis como parte de uma ação completa, ataque completo . Em outras circunstâncias, como após uma ação de movimentação, você deve se limitar a apenas um ataque com seu BAB completo, ou seja, com +6 no seu exemplo ou +16 no meu.