Pergunta mais fácil primeiro - não há problema em sobrecarregar uma fonte de alimentação, então não se preocupe com essa parte da questão 3.
Se houver três toques de 12V na fonte de alimentação, faria sentido alimentar cada um dos seus três circuitos (eu direi apenas circuitos ao invés de zonas como você os chama) de cada um dos três toques?
Eu não acho que você realmente quis dizer que você correria o retorno pelo chão, isso seria uma má idéia ... você quer passar um fio de dois condutores pelo circuito e tocar os dois condutores em cada carga tudo está em paralelo.
Você pode usar comutadores sem fio como o Lutron Caseta e o Pico remoto ou produtos similares para fazer tudo o que você quer com relação à automação - é muito diferente desde o seu material X10 dos anos 90.