Você está sem sorte e teria que pegar um voo.
Existem duas empresas de ferry nos Açores, mas apenas uma, Atlânticoline , atende São Miguel e é well que só o faz entre maio e setembro.
Também verifiquei o site para a programação de janeiro e, de acordo com os outros relatórios, ele mostrou apenas um link de transporte entre o Corvo e Flores.