Na minha experiência, não há absolutamente nenhum problema com esse tipo de coisa. Placas de circuito povoadas nuas são fáceis para o pessoal de raios-x inspecionar, na verdade elas parecerão similares a eletrônicos de pacotes familiares, já que o gabinete é quase invisível aos raios X. Eu frequentemente viajei com esse tipo de coisa (protótipos, quadros de avaliação e assim por diante) e não encontrei nenhum problema, nem mesmo qualquer evidência que eles examinassem. Eles podem ver que não há perigo.
Não coloque as baterias na bagagem despachada, especialmente em aparelhos eletrônicos caseiros, e nunca em baterias de lítio. Eu também seria um pouco cuidadoso com a aparência estranha de eletrodomésticos nus ou caseiros na bagagem de mão, só porque isso pode enlouquecer outro passageiro se eles o virem (talvez enquanto você estiver acessando seu cache de lanches durante o voo ) que você não quer fazer.
A única coisa pior seria puxar o seu Arduino com LEDs piscando e começar a conectá-lo ao seu laptop para programar um pouco durante o vôo.