Isso foi o que acabei fazendo:
Eu peguei o 3am ferry de Macau para a Ilha de Hong Kong.
Fora do terminal de balsas, peguei o ônibus N11 diretamente para o aeroporto. Demorou cerca de uma hora e custou 31 HK $ (4 USD). Corre-se a cada 30 minutos, tirei o 4:20 um. Eu estava um pouco preocupado que 20 minutos podem não ser tempo suficiente para ir da balsa através da imigração até o ônibus, mas a essa hora da noite levou menos de dez minutos.
Portanto, há balsas e ônibus suficientes durante toda a noite para chegar ao aeroporto sempre que você precisar.
Isso requer passar por Hong Kong, então se você precisar de um visto, isso pode não ser uma opção.