Não, você mantém os ajustes de pontuação de habilidade.
Olhando para o Pathfinder CRB, podemos encontrar exatamente o que você perde o acesso quando você ganha o novo formulário:
Capítulo mágico, regras da sub-escola Polimorfia:
While under the effects of a polymorph spell, you lose all extraordinary and supernatural abilities that depend on your original form (such as keen senses, scent, and darkvision), as well as any natural attacks and movement types possessed by your original form. You also lose any class features that depend upon form, but those that allow you to add features (such as sorcerers that can grow claws) still function. While most of these should be obvious, the GM is the final arbiter of what abilities depend on form and are lost when a new form is assumed. Your new form might restore a number of these abilities if they are possessed by the new form.
Note que os ajustes de pontuação de habilidade são bônus raciais (para humanos, meio-elfos e meio-orcs) ou bônus sem diferença (para todos os outros afaik). Eles não estão em nenhum dos grupos destacados acima. Embora a redação permita alguma margem de manobra para o Mestre restringir habilidades adicionais com base no que "depende da forma", as próprias regras não sugerem que os ajustes de pontuação de habilidade seriam perdidos.
Uma coisa a ter em mente é que os feitiços polimorfos mudam sua forma, mas eles não alteram seu tipo de criatura. Você ainda é humanóide (humano) mesmo quando você é um leão ou o que quer que você tenha metamorfoseado. Como resultado, você deve manter os recursos raciais que não estão nas categorias "dependentes de formulário" acima.