Sim

Uma criatura que tenha vários bônus de classe favorecida diferentes para a mesma classe pode escolher um bônus de classe favorecida diferente a cada vez que a criatura ganhar um nível em sua classe favorita. Classe Favorecida , em parte, diz

The choice of favored class cannot be changed once the character is created, and the choice of gaining a hit point or a skill rank each time a character gains a level (including his first level) cannot be changed once made for a particular level.

O Guia do Jogador Avançado em Classes Favorecidas Racial - graciosamente - torna isso um pouco mais claro, em parte dizendo:

The normal benefit of having a favored class is simple and effective: your character gains one extra hit point or one extra skill rank each time she gains a level in that class (or in either of two classes, if she is a half-elf).… In most cases, these benefits are gained on a level-by-level basis—your character gains the specified incremental benefit each time she gains a level. Unless otherwise noted, these benefits always stack with themselves.… In some cases this benefit may eventually hit a fixed numerical limit, after which selecting that favored class benefit has no effect. Of course, you can still select the bonus hit point or skill rank as your favored class benefit, so there is always a reward for sticking with a favored class.

Até o texto enfatizado, uma suposição poderia ser feita de qualquer forma, mas esse texto enfatizado o sela: se uma criatura tiver várias opções para seu bônus de classe favorecida, um bônus de classe favorecido diferente (ou o mesmo) pode ser um novo nível na classe favorecida é obtido.