As chances são boas de que ainda havia fluxo de ar suficiente acontecendo com o painel de intradorso ventilado no lugar. Eu experimentaria com o novo fã e veria como ele funciona antes de cortar o sofito.
Desde que o intradorso de vinil foi aplicado diretamente sobre o sofito de madeira compensada, você poderia instalar o canal J ao redor da abertura e cortar o intradorso para caber.
Você também pode substituir o painel sólido que cobre a parte da abertura por um painel ventilado.