Eles não usaram o veículo de pouso. Eles usaram o MAV (Mars Ascent Vehicle). Uma vez que este veículo é especificamente projetado para ser lançado a partir de Marte e atracar com a Hermes, ele não deve ter problemas para fazer isso.
Tenha em mente também que este veículo fazia parte do protocolo de abortar a missão. Como o uso do MAV para se conectar com a Hermes era a chave para a capacidade de abortar uma missão, a NASA teria de fazer isso funcionar.
Também como mencionado por Keen em um comentário:
In addition, the Hermes can be remote controlled. At one point in the book, Mark mentions a scenario they trained for where the MAV's second stage fails to ignite, leaving the crew in a lower orbit than the Hermes'. Mission Control would simply alter the course of the Hermes to intercept their lower orbit to pick them up.
Devido ao atraso, não acho que o Controle da Missão na Terra faria essa correção. Um candidato mais provável seria Martinez controlando Hermes do MAV (IMO). Independentemente disso, a capacidade da Hermes de ajustar a posição para encaixar com o MAV está lá quando necessário.
Em um comentário que você declarou:
Woops, that was my mistake, either way it's the same Vehicle Mark uses at the end of the movie. And is still limited to sub-orbit.
A altura orbital não é o problema quando Hermes pega Mark no final. O problema é que Hermes acelerou neste ponto a uma velocidade onde não pode orbitar Marte. Portanto, o problema não é que o MAV não possa alcançar o Hermes, o problema é que eles só têm uma chance de recuperar o Mark.
Para fazer backup das declarações feitas por Chris com informações do filme, Mark menciona que o MAV será explodiu em órbita quando ele está sentado no rover olhando para o Ares IV MAV. Esse MAV será strongmente modificado, é claro, mas há uma segunda citação relevante. Durante a cena em que o JPL está apresentando as modificações no Ares IV MAV, é mencionado que o MAV foi projetado apenas para "baixa órbita". Esta é uma prova de que o MAV foi capaz de orbitar Marte sem modificações .