Se você assistir as cenas em que Unalaq se torna o Avatar das Trevas, então derrota Raava ... você vê que Unalaq se transformou fisicamente no enorme ser que foi atacar a Cidade da República. Ao contrário de Korra, ele não estava projetando astralmente, era na verdade seu corpo que havia se transformado em um imenso espírito por sua fusão com Vaatu.
Em essência, ao contrário da existência simbiótica e paralela que o Avatar tinha com Raava ... Vaatu se fundiu completamente com Unalaq para criar um novo ser espiritual. Então, quando Korra destruiu Vaatu com seu Espírito de Flexão, este foi o Corpo de Unalaq que ela destruiu.
Além disso, Unalaq mencionou no Livro 2, Episódio 10, que o Espírito pode ser usado para obliterar uma alma humana. Normalmente, as pessoas aparentemente são protegidas disso porque sua alma está alojada com segurança em sua forma física (nunca vemos Unalaq usar essa habilidade em alguém que não esteja projetando Astralmente), mas devido a sua fusão com Vaatu, Unalaq deixou de lado seu corpo físico favor de se transformar no enorme híbrido Unalaq / Vaatu super poderoso. Assim, o método de dobrar o espírito usado por Korra para purificar e dissipar a alma de Vaatu também dissipou a alma de Unalaq.
Então, em suma ... ele não "retornou ao seu corpo" porque ele tinha sido irrevogavelmente transformado em algo mais por Vaatu (ao contrário de Korra, que era tão grande porque ela havia deixado seu corpo para trás e a sobrecarregava alma através da Árvore do Tempo). E assim, quando Korra destruiu a forma gigante com o Espírito se dobrando, isso destruiu o corpo de Unalaq.