Ainda não temos certeza sobre o que aconteceu com o Doctor abrindo sua própria tumba que desencadeou os eventos de sua profecia; não temos certeza de que esses eventos foram realmente evitados ou ainda estão por acontecer. Elementos-chave da profecia não parecem coincidir com os eventos de "The Name of The Doctor".
Portanto, é prematuro pensar que foram apenas as ações da Grande Inteligência que o Silêncio quis evitar. Pode ser que, se o GI fosse removido da imagem, essa outra pessoa aparecesse e tentasse fazer a mesma coisa. Pode ser que exista outra coisa no túmulo do Doctor, ou algum outro evento que possa ocorrer acessando seu fluxo de tempo histórico, que cause problemas.
Lembre-se que, no episódio, The Doctor aponta que ele tem tempo de viajar mais do que qualquer outra pessoa na história (e quando The Doctor diz que "na história" ele provavelmente inclui toda a história futura também). Embora, em teoria, todos os Time Lords ou outros viajantes do tempo provavelmente tenham fenômenos semelhantes em seus túmulos, ele é de longe o mais poderoso e mais perigoso.
Então, a resposta mais provável é que o silêncio precisa ter certeza absoluta de que ninguém pode entrar no túmulo; a maneira mais fácil de evitar isso é remover a única pessoa com o conhecimento para inseri-la. Sim, River também sabe como chegar lá, mas também não sabemos quando ela realmente aprende o nome dele, já que ela não aprendeu quando eles se casaram. Provavelmente, o Silêncio está tentando eliminar o Doutor antes que ele possa dizer a qualquer um outro segredo.