Ele tem as marcas de cirurgia porque fez uma cirurgia!
O objetivo do filme é apresentar uma série de paradoxos.
Como sabemos desde o final do filme, o personagem de Ethan Hawke é efetivamente todo mundo . Ou, em outras palavras, ele é John, Jane, a criança da missão e o Fizzle Bomber. O wiki tem algumas informações úteis, mas você pode achar mais fácil olhar para o história curta que foi baseada , pois é muito mais curta e mais fácil de entender.
Para responder especificamente à sua pergunta, "Jane" fica grávida de um homem mais velho, que a deixa.
Ao tentar entregar a criança, os médicos descobrem que ela é intersexual. A criança é raptada, mas enquanto isso os médicos percebem que, para sua própria segurança, os ovários de Jane, trompas de falópio, útero e vagina devem ser removidos - o que significa que ela retém apenas órgãos sexuais masculinos (e eventualmente se torna "John").
Então as marcas de cirurgia que ele tem são por causa de seu passado, quando ele era uma mulher.
Se você quiser mais ajuda, considere este maravilhoso gráfico que encontrei no reddit, mostrando a linha do tempo dos eventos: