Eu não sou tão familiarizado com citrus, mas tomates e pimentas podem desenvolver algo chamado podridão final da flor. Isso é causado pela planta não receber nutrientes suficientes (especificamente cálcio), seja porque a planta não está obtendo água suficiente e, portanto, não pode tirar os nutrientes do solo ou porque o solo é deficiente.
Se é seguro comer, um tomate com podridão final ainda é seguro quando você remove a área afetada.
Espero que isso seja útil!
Você tem uma foto da laranja em questão? Isso ajudaria muito com o diagnóstico.