Seu passaporte não tem nenhuma importância para viagens domésticas no Japão, especialmente porque você é um residente e não um "visitante temporário". Na verdade, é aconselhável mantê-lo em casa para evitar danos ou perdas acidentais.
A única ocasião em que você precisa de um passaporte válido é quando deseja viajar internacionalmente. Até lá, você nem precisa renovar seu passaporte quando ele expirar.