Você tem tudo basicamente correto

So I can prepare wisdom mod (lets say +3) + level per "instance" (before doing a long rest). (So I can prepare 6 spells)

Sim, você teria 6 feitiços preparados a cada dia. No entanto, você recupera seus slots de magia e prepara os feitiços após um longo descanso, não antes. Você precisaria completar todo o longo descanso antes de preparar novas magias e recuperar seus slots de magia usados.

I can choose any 6 spells out of the level 1 and 2 list (since I only have level 1 and 2 spell slots)

Sim, não há restrições sobre quais magias você pode preparar, então você pode preparar todas as magias de nível 1, todas as magias de nível 2 (embora não seja uma boa idéia com apenas 2 slots de nível 2) ou qualquer combinação do acima.

I can cast the same spell as MANY times as I want (like I can cast goodberry (a lvl 1 spell) technically 6 times (4 level 1 spell slots, and 2 level 2 spell slots). The level 2 slots will increase the damage of course.

Principalmente correto. Nem todo feitiço aumenta em potência quando lançado em um nível mais alto. Na verdade, o feitiço Goodberry que você mencionou não melhora quando é lançado usando um slot de nível 2. Muitos fazem, mas outros não. Tenha isso em mente e certifique-se de ler a descrição da magia antes de usá-la em um nível mais alto. Para ser claro, você absolutamente PODE conjurar uma magia de baixo nível em um slot de nível mais alto, mas se não houver benefício adicional em conjurar a mágica em um slot de nível mais alto (conforme a descrição da magia), você pode não estar usando feitiço recursos de slot.

but I could only cast spike growth (a level 2 spell) 2 times, because I cannot cast it as a level 1 spell.

Exatamente.

I could do a long rest and re-prepare 6 more spells and my spell slots would all be refreshed.

Sim, com uma pequena advertência. Tenha em mente que Rules-As-Written, não é o jogador que decide descansar um pouco, mas o DM / GM que decide se um longo descanso está disponível . Certifique-se de que você sabe como o seu Mestre está executando o jogo, porque você não pode iniciar um longo descanso sem a aprovação do Mestre, e isso pode determinar como você usa suas magias e quais feitiços você prepara.

Isso está correto, os espaços de magia são regenerados no final de um longo descanso e você pode preparar novas magias ao final de um longo descanso também.