Algumas madeiras, especialmente madeiras moles, como pinho / abeto / abeto, são notórias por tomarem manchas de maneira estranha. A solução usual é "condicionar" a madeira antes da coloração, reduzir a absorbância em geral e fazê-la se comportar mais como esperávamos. Existem produtos vendidos especificamente para esse propósito, ou shellac desparafinados podem ser usados.
Muitas discussões sobre isso existem na web. Deixe-me ver se consigo encontrar um bom link para uma das revistas.