Em geral, é altamente recomendável entrar e sair de um país no mesmo passaporte. Passar comutação pode ser um pouco complicado, dependendo dos procedimentos reais de entrada e saída e da quantidade de informações que as companhias aéreas (se você estiver voando) precisam coletar e transmitir às autoridades.
Recentemente eu voei em uma viagem de vários países e troquei passaportes na perna da Alemanha para a Coréia do Sul, ou seja, deixei a Alemanha em um passaporte e entrei na Coréia do Sul em outro. A Lufthansa realmente precisava saber disso e coletou as informações de acordo. No entanto, eles aparentemente estavam acostumados a fazer isso, então, neste caso, não foi problema.