Existem vários motivos.
Primeiro de tudo, ele não aceita isso como verdade, apenas plausível. Quando ele está conversando com outros Jedi, ele menciona apenas um "possível" nascimento através dos midichlorianos.
Em segundo lugar, ele poderia muito bem estar usando truques Jedi para aprender que ela pelo menos achava que era verdade. Se ela pensasse que era verdade, não haveria muito que ele pudesse ganhar.
Por último, os Jedis estão no controle completo de suas emoções. Ele deve ter percebido que reagir não o ajudaria, então ele não o fez.