Sim, porque o simulacro é uma criatura.
Os pontos que você apresenta são razões plausíveis para que um mestre impeça a clonagem de um simulacro em sua própria campanha, mas uma leitura estrita das regras mostra que você pode clonar um simulacro.
Especificamente, os estados da mágica simulacrum :
The duplicate is a creature ... and it can take actions and otherwise be affected as a normal creature.
E o feitiço clone atua em criaturas:
This spell grows an inert duplicate of a living creature as a safeguard against death.
Como o simulacro é especificamente uma criatura viva, ele é um alvo válido para a magia clone .