Sim, o goodberry irá curar 12 hp por baga se for lançado usando um slot de 9º nível.
When a spellcaster casts a spell using a slot that is of a higher level than the spell, the spell assumes the higher level for that casting. For instance, if Umara casts magic missile using one of her 2nd‑level slots, that magic missile is 2nd level. Effectively, the spell expands to fill the slot it is put into.
Então, se você conjurar goodberry com um espaço de magia de 9º nível, será uma mágica de 9º nível, e Disciple of Life a tratará como tal.