O formulário é sobre onde você esteve, não onde seu passaporte esteve, então você deve listar todos os países .
Como você está voltando para o seu país de origem, a Imigração não vai realmente se importar com onde você esteve. A alfândega, no entanto, pode estar interessada nisso, e as coisas ficarão estranhas se você não declarar o país X, mas eles encontrarem bens obviamente comprados do país X.
Esta resposta pressupõe que o seu país de origem é OK com dupla cidadania e você está visitando o país X. Se esse não for o caso, as coisas se complicam e você terá que avaliar o risco potencial de uma declaração falsa vs. preso por uma segunda cidadania ou por consorciar-se com 'o inimigo'.