Há algumas coisas acontecendo aqui que impediriam que o mundo de Zion fosse recriado em uma camada virtual da Matriz;
A "mente-lasca".
Morpheus descreve a sensação de estar dentro da matriz como algo instantaneamente reconhecível para aqueles que estão cientes do que estão procurando
It's that feeling you have had all your life. That feeling that something was wrong with the world. You don't know what it is but it's there, like a splinter in your mind, driving you mad,
Se houvesse uma camada secundária da Matriz, aqueles que estão insatisfeitos dentro da Matriz ficariam insatisfeitos nessa segunda camada também. O arquiteto deixa claro que ele é simplesmente incapaz de construir um mundo realista, apesar de ter resolvido o problema durante a maior parte de um milênio.
A escolha.
Uma das principais razões pelas quais o Neo é mostrado ao Keymaker pela Oracle é permitir que ele faça The Choice, uma promessa específica de aceitar a Matrix em troca da sobrevivência contínua da raça humana. Ecoando o 'Instrumento de Rendição' visto no final de O Segundo Renascimento, Parte 2 , parece que as máquinas são simplesmente não quer continuar a executar a Matrix se os humanos não estiverem dispostos a participar.
Se você enganar o proxy das pessoas (Neo) para fazer uma falsa escolha, isso invalidaria sua superioridade moral, daí porque o Arquiteto diz a Neo sobre a presença de Trinity na Matriz e sua morte iminente. Uma falsa escolha não é escolha e nenhuma escolha significa o fim da Matriz.
Neo - You won't let it happen, you can't. You need human beings to survive.
The Architect - There are levels of survival we are prepared to accept. However, the relevant issue is whether or not you are ready to accept the responsibility for the death of every human being in this world.