Existem muitos exemplos.
Vulcanos: Os vulcanos têm grande diversidade racial. TOS Spock, VOY's Tuvok e ENT's T'Pol parecem ser de diferentes etnias. Além disso, os Romulanos ainda são biologicamente similares o suficiente para os principais vulcanos serem intercompatíveis, mas eles são distintos o suficiente para que certos tratamentos médicos não funcionem da mesma forma, como mencionado no Inter Arma do DS9, não estou digitando o resto aquele nome. Se a medicina padrão tem que ser checada duas vezes para diferentes etnias, você tem uma espécie extremamente diversa. Além disso, a maioria dos romulanos é branca ou levemente bronzeada. No entanto, na "Causa Improvável" do DS9, vimos uma mulher romulana negra que trabalhava para o Tal Shiar.
Andorianos: Os andorianos têm muita diversidade, mas parece ser distorcido. O grupo étnico mais freqüente que vimos foram os andorianos de pele azul, como Shran. Também vimos na "The Offspring" da TNG que existem andorianos verdes. Vimos os Aenar na Enterprise, que são cegos, telepáticos e brancos. Esta espécie provavelmente terá um gargalo genético, já que sua população está caindo, e os Aenar estão extintos.
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Trill: como mencionado por @Mr Lister, embora a maioria dos trinados seja do tipo manchado, há também um tipo de testa franzida.
Bajorans: como mencionado na página alfa de memória, havia bajorans de pele escura. Isso nunca foi um ponto de enredo. link
Exemplos prováveis:
Ocampans: Sabemos que alguns dos Ocampa foram embora depois que seu mundo foi transformado em um deserto. Os dois grupos perderam contato logo em seguida, e foram separados por pelo menos 300 anos. A uma taxa de substituição completa da população a cada 9 anos, os dois grupos foram separados por mais de 30 gerações, o que seria suficiente para que alguma distinção genética emergisse, especialmente porque o grupo seperatista tinha apenas algumas centenas de pessoas. A pequena população provavelmente teria uma boa quantidade de mudança genética, o suficiente para algumas distinções surgirem. link
Jem'Hadar: Sabemos que depois que Sisko explorou a abertura do buraco de minhoca bajorano, o domínio teve que começar a clonar Jem'Hadar localmente no quadrante alfa. Estes Jem'Hadar aparentemente foram criados com diferentes demandas em mente. Este pode ser o único exemplo de diversidade racial artificial deliberada. link
Kobali: Provavelmente o exemplo mais extremo em termos de variedade. Esta espécie cresce sua população, salvando os mortos de outras espécies, modificando os mortos para atender às suas especificações biológicas e sendo uma raça de zumbis. O processo não é perfeito e, como resultado, as pessoas retêm DNA original suficiente para serem individualmente identificáveis. Como resultado, os Kobali têm a diversidade racial da variação entre várias espécies diferentes. link