Não há regras para isso, então sempre será da responsabilidade do DM.
Polymorph pode ser usado em "uma criatura que você pode ver", sem restrições adicionais. Ele (para todos os efeitos) falha automaticamente contra metamorfos e criaturas com 0 pontos de vida, mas isso é o que especifica. Há uma cláusula em Polymorph que pode ser argumentada para ser aplicada aqui:
The target’s gear melds into the new form. The creature can’t activate, use, wield, or otherwise benefit from any of its equipment.
Então, se o seu Mestre considerar uma criatura engolida como "engrenagem" (improvável), ela se fundiria com a nova forma. Caso contrário, o Polymorph não possui regras para essa situação.
Como você observou, as regras dentro do statblock de cada criatura não têm nada que cubra essa situação. É digno de nota que, enquanto cada um deles só pode engolir criaturas de um certo tamanho, não há nada que diga o que acontece se uma criatura que eles engoliram crescer além desse tamanho. Então, como um Mestre, eu certamente poderia ver um argumento de que quando uma criatura que você engoliu torna-se grande demais para você, a andorinha termina de forma confusa.
Outro ponto a considerar sobre as regras para engolir dentro do bloco de estatísticas de cada criatura são apenas isso - dentro do bloco de estatísticas de cada criatura. Não há regras globais para engolir. Bem, então, o que?
The target’s game statistics, including mental ability scores, are replaced by the statistics of the chosen beast.
Isto significa que, uma vez que Polimorfo seja lançado, as regras que permitiram que a criatura tenha outra criatura dentro dela deixaram de se aplicar àquela criatura. O que isso significa? A única maneira sensata de lidar com esse paradoxo é aceitar que as regras simplesmente não cobrem isso e o Mestre terá que decidir o que acontece.