Eles empilham

Flechas de flauta só exigem que você extraia a munição da aljava afetada:

When a target is hit by a ranged weapon attack using a piece of ammunition drawn from the quiver, the target takes an extra 1d6 fire damage.

As únicas estipulações para a magia da Munição, +3 e a Arma, +3 é que você faça um ataque com elas; os bônus também se aplicam:

You have a +3 bonus to attack and damage rolls made with this piece of magic ammunition. Once it hits a target, the ammunition is no longer magical.

[...]

You have a +3 bonus to attack and damage rolls made with this magic weapon.

Nenhuma regra restringe especificamente essa sinergia, então a aplicação geral do dano extra e bônus é válida.

Sim, eles empilham.

RAW:

You touch a quiver containing ammunition. When a target is hit by a ranged weapon attack using the ammunition, the target takes an extra 1d6 fire damage. The spell ends on a piece of ammunition whether it hit or misses, and it can only affect up to 12 pieces in total.

At Higher Levels: The number of pieces of ammunition you can affect with this spell increases by two for each slot level above 3rd.

Condições a serem cumpridas:

1. deve ser munição
2. Deve estar no quiver que está encantado
3. Deve acertar com um ataque de arma à distância usando a munição

A mágica inclui quaisquer regras sobre outros bônus que não afetem o item:

• Não

Existe alguma regra que impede o empilhamento de bônus?

• Não

Você atende a essas condições:

1. Uma munição com seta +3? (Sim)
2. A seta +3 no quiver quando a magia é conjurada? (assumindo sim no seu exemplo)
3. Você atingiu a munição através de um ataque à distância? (Sim, usar um arco é um ataque à distância, sim, suponho que você tenha acertado o propósito da resposta)

Então sim, você ganharia +3 do arco, o +3 da flecha e o 1d6 de dano de fogo extra do feitiço.

Além disso, afeta como Sharpshooter, Hex ou Hunters Mark também se acumulam, se eles se aplicam ao seu ataque, como não há nada que os impeça de fazê-lo em suas palavras, os itens de formulação ou a formulação da magia.

Quanto ao comentário de SeriousBri:

O feitiço não está fazendo a flecha +3 no exemplo não mágico quando ela atinge. O item mágico em si torna-se não mágico depois de atingir um alvo com base na descrição do item. Não tem nada a ver com o feitiço, então não há risco adicional usando o feitiço.