Sua confusão parece ter origem em como você cria personagens que estão acima do nível 1 ao iniciar. O manual dos jogadores não tem como criar personagens que começam acima do nível 1, além de criar um personagem de nível 1, e então nivelá-lo até o nível apropriado. Vamos pegar o bardo nível 3 como exemplo.
Quando você cria seu bardo de nível 3, você começa a construir um bardo de nível 1. Ele tem 4 magias de nível 1, escolhidas da lista de feitiços do bardo. Quando ele atinge o nível 2, ele ganha outro feitiço conhecido e pode trocar 1 feitiço conhecido por outro. Ele agora conhece 5 magias de nível 1. Quando ele alcança o nível 3, ele ganha outro feitiço conhecido, juntamente com os espaços mágicos de 2º nível. Ele também pode trocar um feitiço conhecido por outro. Ele agora sabe 6 magias, e até 2 delas podem ser de segundo nível.
Para o seu gerador de caracteres, eu recomendo apenas fazer personagens de primeiro nível, ou fazer personagens de primeiro nível, você pode subir de nível. Isso é mais intuitivo para você programar e não sobrecarrega os usuários com muitas opções imediatamente.