Não há muitos vôos para El Nido de qualquer lugar, não importa de Cebu ou Negros. Costumava haver um vôo SEAir que eu tomei e que foi uma experiência maravilhosa, decolando do gigante NAIA em Manila em um pequeno avião e chegando a pousar a poucos metros acima do mar :) Você ainda pode voar até lá em ITI - mas acho que os clientes do resort podem ter prioridade.
WikiTravel tem informações sobre transporte para El Nido. Não pense que a falta de voos mostrados se deve ao fato de a página estar incompleta - o aeródromo de El Nido é apenas isso, um campo e não há muito tráfego.
Para encurtar a história, você precisará ir a Manila e fazer um voo (pré-reservado) com o ITI ou qualquer outra pequena companhia aérea que agora possa voar até lá, ou chegar a Puerto Princesa e ir até El Nido. em uma das vans regulares.
Ferry também pode ser uma opção de Manila para PP, se você for um pouco masoquista.
Se o dinheiro estiver apertado, voe Cebu para Puerto e depois por terra. Se não tiver dinheiro, voe para Manila e depois para El Nido, mas verifique se o voo para El Nido está funcionando e tem um lugar com antecedência!
(EDIT: ITI site afirmam que a pista de pouso foi atualizado, mas tanto quanto eu sei, nenhum dos suspeitos habituais voam para lá ainda - Air Asia, PAL, Cebu Pacific, etc.)