Meu irmão voou de Lima para Cusco. Foi brutal.
Eu demorei na Bolívia, no Lago Titicaca e depois em Cusco antes de ir para Machu Picchu. Ainda era brutal.
Outros pioram, outros têm menos, mas geralmente você fica sem fôlego, e provavelmente com dores de cabeça.
Não há basicamente nada para fazer em Aguas Calientes - algumas nascentes e comida (que nos deixou doentes), enquanto Cusco tem muito para ver, ver, comer e fazer, incluindo passeios a outras ruínas / lugares antigos.
A maioria dos turistas passa primeiro tempo em Cusco, e há uma boa razão para isso.