Como cidadão alemão, é claro que você tem o direito de entrar, sair e permanecer na Alemanha como quiser.
Na prática, você não deve ter problemas em usar o passaporte alemão para a UE no futuro.
No entanto, você deve assumir que o seu passaporte dos EUA está "no sistema" e será marcado como estático. Observe que os passaportes geralmente são escaneados eletronicamente nas passagens de fronteira - se você obtém ou não um carimbo real. O Schengen ainda não tem um banco de dados de entrada / saída eletrônico, embora você ainda possa ser questionado se não encontrar a saída carimbo.
Você também pode ir em uma breve viagem fora do Schengen para obter o carimbo de saída e re-entrar no alemão.
No entanto, faz sentido usar o passaporte alemão em qualquer viagem da UE no
no futuro, para evitar qualquer mal-entendido (a lei dos EUA exige que você sempre use o passaporte dos EUA quando for para lá).
Para países terceiros, faz sentido usar sempre o passaporte mais conveniente para o país de destino ...
Se você estiver morando no exterior quando seu passaporte alemão expirar, você poderá renová-lo na embaixada alemã.
Aviso: Nada que eu diga deve ser considerado como aconselhamento jurídico profissional. Se você tiver dúvidas, pergunte a um advogado. Especialmente verdadeiro se você acabou de se naturalizar; Nesses casos, existem regras arcanas para manter a dupla cidadania, que estão além do escopo desta resposta.