Sim, há uma diferença.
Para referência: 3.0 arquivo de texto SRD sobre habilidades especiais e 3.5 SRD de hipertexto para melhoria de garra
O primeiro parágrafo da habilidade 3.0 diz:
If the creature hits with a melee weapon (usually a claw or bite attack), it deals normal damage and attempts to start a grapple as a free action without provoking an attack of opportunity. No initial touch attack is required, and Tiny and Small creatures do not suffer a special size penalty.
Este texto é removido na versão 3.5 da habilidade. No entanto, o Mouther é Médio, de modo que é irrelevante no seu caso. Ambas as versões incluem este texto relacionado ao tamanho:
Unless otherwise stated, improved grab works only against opponents at least one size category smaller than the creature.
Como um monstro Medium, o Mouther só pode usar o Grab Improved em criaturas pequenas, mesmo em 3.0.
A funcionalidade -20 é idêntica em todas as versões - a criatura pode receber uma penalidade de -20 para usar apenas uma parte do corpo e evitar sofrer as conseqüências de uma garra, ou lidar com a perda de mobilidade e DEX para AC.