Are there any reasons as to which her being put in a wooden cell makes sense?
A explicação mais simples e melhor é que eles sabiam que ela era uma doadora de terra. Existem duas maneiras pelas quais eles podem saber:
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O pôster "procurado" era para "The Runaway". De quem ela fugiu? Seus pais no Reino da Terra. Não acho que tenhamos uma tradução direta do pôster desejado, mas é provável que ela tenha sido descrita como uma doadora de terra ou simplesmente como uma criança da nação da terra e, portanto, não uma firebender.
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Após sua captura, descobrimos que a prisão real é orquestrada por Combustion Man, que foi contratado por Zuko para matar o Avatar. Nós presumimos que Zuko teria informado o Combustion Man sobre os companheiros de Aang, então ele teria conhecimento total das capacidades de Toph.
O diálogo sugere strongmente que o nº 2 era verdadeiro:
Toph: (alarmed) Hey, what kind of cell is this?
Female Fire Nation Officer: (through the bars) A wooden one.
Cut to the mayor's office. The mayor is opening a moneybox for Katara when the door creaks open. The mayor points to Katara and speaks to a person in the doorway.)
Mayor: That's her. That's the girl you were looking for.
(Katara turns around to see the hulking figure of Combustion Man looming over her.... Katara has joined Toph in her cell.)
Toph: Wait. It's a trap!
Katara: Really? No kidding. Is that why we're sitting in a wooden cage right now? Gee, how'd you figure out it was a trap?