Os el-aurianos têm algo parecido com uma memória eidética. Eles são amplamente conhecidos por serem capazes de recordar com absoluta clareza algo que aconteceu há centenas de anos. É possível que essa habilidade tenha permitido que Guinan percebesse as diferenças na linha do tempo durante o "Yesterday's Enterprise", mas também há uma explicação alternativa.
Uma cena não utilizada no roteiro de ST: G explicou que os El-Aurians que ficaram presos no Nexus - incluindo Guinan e Soran - tiveram uma percepção única do tempo depois. Isso também é mencionado no romance da TNG "The Buried Age". O episódio de TV foi filmado muito antes do filme, no entanto, nesse ponto, os roteiristas não tinham ideia de que Guinan estava preso no Nexus, ou até mesmo que a fita do Nexus existia. Não há explicação dada dentro do episódio em si, mas é o mais próximo que temos:
GEORDI: How could Guinan know that history has been altered... if she's been altered along with the rest of us?
DATA: Perhaps her species has a perception that goes beyond linear time.
Então, mais tarde, recebemos esta declaração da própria Guinan:
Portanto, sem ouvir os próprios escritores, ficamos supondo que a intenção original era que os auranianos tivessem um "sexto sentido" que tornasse isso possível. Mais tarde, isso seria retransmitido de modo que apenas os El-Aurians presos no Nexus tivessem essa capacidade, devido à exposição ao Nexus. Como essa cena não foi incluída no filme final, ela provavelmente não é considerada canon.GUINAN: I don't have alternate biographies of the crew, Tasha. I told the captain... it's just a feeling.
Para responder à sua pergunta original, tudo isso nos leva a acreditar que - independentemente de qual circunstância ou habilidade permitisse a Guinan "sentir" a diferença - essa habilidade só se estenderia ao universo / dimensão / linha do tempo específico de El-Aurian individual . Assim, essencialmente, cada "versão" de Guinan sentiria que a sua própria versão era a correta, e ela só sentiria mudanças feitas para essa versão.