A resposta para a questão do código é variável de acordo com a sua localização, especialmente se você estiver nos EUA, pois haverá códigos federais, estaduais, municipais e talvez até códigos de cidades para serem cumpridos.
Além dos códigos, há respostas simples e de bom senso. Acho que entendo que o cano do fogão sobe uma chaminé de tijolos, não apenas exposta através do teto, e minha resposta supõe isso. Não consigo ver nenhuma razão pela qual você não consiga passar o teto até a chaminé, desde que use materiais classificados como fogo, ou seja, os trilhos, as ferragens e os próprios ladrilhos. Você deve certificar-se sobre isso para todo o teto da gota realmente.