A questão não é suficientemente específica para respondermos com precisão. Há muitos fatores que podem afetar a duração de um voo e nem sabemos exatamente quais partes do voo estão incluídas nos horários que você cita. Eu vou assumir que eles são do seu portão de embarque para o seu portão de chegada.
A explicação mais provável parece ser que, quando você sai de Atenas, seu avião está geralmente esperando atrás de uma fila de vários outros aviões antes de poder decolar, e quando voa para Atenas isso não acontece. Outro possível fator é que uma das pistas de Atenas esteja muito mais próxima do terminal do que a outra. Se o seu voo de partida usou a pista mais distante e o seu voo de entrada não o fez, isso contribuiria para a diferença de tempo.