A Rainha Borg foi provavelmente destruída, mas isso não significa que os Borg foram destruídos
Nós vemos a rainha dos Borgs perdendo seus membros e sua conexão com o coletivo. No entanto, sabemos que isso não equivale à destruição dos borgs. Como apontado na resposta de @ jim, a Rainha é destruída em Primeiro Contato (definida em 2373) e depois reaparece em VOY ('Endgame' é definido em 2378). Além disso, os Borg obviamente ainda existem em VOY depois que a Rainha Borg foi morta em First Contact e é "reencarnada" por falta de uma palavra melhor.
A única referência adicional que temos ao Borg em Canon está em Star Trek Countdown 3 onde aprendemos que o Narada foi adaptado com a tecnologia Borg. No entanto, isso não nos diz nada, além de que a tecnologia Borg ainda existia.
Então, especular
Memória Alfa nos diz que a função da Rainha é pedir o Borg, então a remoção dela, sem dúvida, causaria o caos para o borg. No entanto, os eventos de VOY após First Contact indicariam que ela pode ser substituída.
A destruição do Unicomplex que observamos é provável porque é onde a Rainha Borg controla os Borgs; sem ela, é provável que desmorone. Sabemos que os borgs podem consertar seus navios através do pensamento, de modo que a ausência da rainha que resulte na destruição do Unicomplex não surpreende.
O agente que o Almirante Janeway usou para alcançar tudo isso era um patógeno neurolítico , que, com base no AM descrição, provavelmente afetou apenas a Rainha Borg e seu controle sobre os Borgs.
Então, com base nisso, minha expectativa seria de que NÃO: os borgs não foram destruídos no final da Voyager , apenas retrocedendo de maneira justa com o hub transwarp.