Duas pessoas na Matriz têm um filho. Eles esperam que a criança se pareça com eles. Mesmo que o corpo desvinculado não fosse deles, a Matrix provavelmente poderia fingir razoavelmente a aparência da pessoa dentro da Matriz. Mas isso não acontece, uma vez que (IIRC) todos que vemos desvinculados têm as mesmas características físicas de quando foram presos na simulação. Nenhuma falsidade estava acontecendo.
Então, com base nisso, a diversidade genética foi por causa de quem os humanos escolheram enquanto estavam na Matriz.
No entanto, como a criança cresceu, não me lembro se alguma vez foi tocada. Outra possibilidade, em vez de inseminação artificial ou útero artificial, é uma espécie de clonagem em que o DNA dos dois pais é misturado diretamente.
Por favor, note que esta resposta pode ser invalidada com base nos resultados de As pessoas dentro da matriz sempre se assemelham a seus corpos do mundo real?