Já que é quase inverno agora, você pode ter a resposta apenas por observação. É provável que, se o instalador dissesse que o enchimento de madeira encolheria de volta nos buracos no inverno, seria. Mas será feio novamente no verão. Também há uma boa chance de que o tráfego de pedestres interrompa as colisões onde o preenchimento aparece, o que o deixará com buracos quando ele encolher.
Outra possibilidade é que o instalador tenha lhe dado essa resposta, porque isso significaria que ele não ouviria você novamente até o inverno, ou talvez não, se você se acostumar com o defeito até então.
Minha solução para preencher buracos (principalmente lugares perto de bordas onde tive que pregar a unha, mas não tinha espaço para esconder as unhas sob o acabamento da placa) é rebaixar as unhas, depois encher os buracos com uma mistura de serragem de cortar o material do piso (assim a cor combina) e o verniz de uretano (que é aproximadamente o mesmo material que o meu piso foi pré-acabado). Se as suas tábuas de chão tiverem acabado com outra coisa, você gostaria de usar isso para o truque da mistura de serragem. Note que alguns tipos de acabamento escurecem uma mistura de serragem; é uma boa ideia testar a mistura em um fragmento antes de colocá-lo em algum lugar onde as pessoas possam vê-lo.