Eu acredito que eles perceberam que isso não iria funcionar, porque seria apenas uma questão de (muito curto) tempo antes que mais droides chegassem. Cortar a porta era uma ótima ideia, mas apenas enquanto passasse rapidamente antes que a segurança interna do navio pudesse reagir. Eles simplesmente não podiam se dar ao luxo de ficar em um grande combate com ondas de dróides (também como uma nota fora do universo: Seria chato). Não, em vez disso, eles recuaram para descobrir um novo plano.
Além disso, obviamente, enquanto Qui-Gon corta a porta, seu padawan teria que pegar todos os droides sozinho - e eu acho que você nem sempre pode continuar interrompendo todo o procedimento de "porta cortada". A voz de Obi-Wan quando ele vê os dois droides indica que ele não está confiante de que pode ficar sozinho.