Eu diria que algumas poucas horas serão suficientes, não é um site tão grande.
Eu realmente recomendo visitar Prambanan no dia antes ir para Borobudur, já que ainda vai se sentir impressionante ao redor. A melhor abordagem é pegar o Prambanan à tarde, dirigir até Borobudur, ficar no Manohara Lodge nos jardins do parque e usar o passeio ao nascer do sol. pacote para visitar Borobudur uma hora antes de ser aberto ao público em geral.
Dito isso, Prambanan está a caminho de Borobudur para Solo (Surakarta), portanto, logisticamente, pode ser mais simples de cobrir quando você sair.