As máquinas, especialmente o programa Architect , já conheciam a localização do Zion durante os eventos dos filmes.
A única razão pela qual Zion foi autorizada a existir porque serviu a um propósito para Matrix. A Zion foi permitida pelas Máquinas como uma válvula de liberação de pressão gigante em todo o sistema, permitindo que os humanos que perceberam a Matrix não fossem reais (estatisticamente, apenas uma fração de 1% de toda a população humana) fossem convenientemente removidos. e isolado. Deve-se salientar que a ameaça real à Matriz não é Sião, mas a anomalia sistêmica criada por 1% da população rejeitando subconscientemente a Matriz.
Uma vez que o Um é encontrado, treinado e enviado no Caminho do Um para a câmara do Arquiteto, Zion está programado para a destruição (para um novo começo). Quando o Uno alcança a Fonte para disseminar a anomalia integral, ele reinsere o Programa Prime, que é a maneira do Arquiteto se referir ao Caminho do Uno. O Caminho do Um é um subprograma dentro da programação maior da Matriz que termina com a chegada do Um na Fonte. Depois de disseminar a anomalia integral na Fonte, o Um reinsere o Caminho do Um na programação da Matriz escolhendo 23 indivíduos para reconstruir Sião.
De acordo com o Arquiteto , Zion foi completamente destruído 5 vezes antes, quando Neo o alcançou. Infelizmente para as máquinas, Neo quebrou o ciclo e Zion não foi destruído pela 6ª vez.