O case quase sempre deve ser colado no batente da janela atual. É a borda final para o acabamento da parede. No seu caso, você tem uma ligeira variação de nível, que normalmente é tratada com um batente de extensão. Você também pode criar um encaixe em sua caixa, o que resultaria em uma extensão integrada na caixa.
Em qualquer caso, a folga entre as ombreiras deve ser isolada com espuma de vidro ou espuma de spray de baixa expansão, e a carcaça deve cobrir a abertura e o novo batente.
O ideal é que nenhuma articulação seja deixada flush. Cada passo deve ter uma "revelação", criando uma aparência de vários níveis. As juntas niveladas são estranhas e difíceis de obter perfeitas.