Não há problema. Os oficiais de imigração entendem que as pessoas têm cidadanias e passaportes diferentes e estarão acostumados a ver famílias onde nem todos têm o mesmo passaporte. Isso acontece o tempo todo. Você não deve obter um visto só porque sua esposa precisa de um; eles podem ver que você tem um passaporte de um país que faz parte do Programa de Isenção de Vistos e entenderá por que você queria usar isso.
Em seu aplicativo ESTA, você será perguntado se é cidadão de qualquer outro país e deverá responder ao País A naquele momento. Como tal, as autoridades dos EUA já sabem que você tem ambas as cidadanias.
Se você for perguntado sobre isso na fronteira, você pode simplesmente dizer a verdade como você tem aqui.