Em esta página do Governo da Índia , o texto diz:
A validade do visto eletrônico (exceto o visto eletrônico) será de 60 dias a partir da data de chegada na Índia. No caso do visto e-Conference, a validade será de 30 dias a partir da data de chegada na Índia. É permitida a entrada dupla no visto de e-Tourist e no visto de e-business. Entrada tripla será permitida no visto e-Medical e no visto e-Medical Attendant. Somente entrada única é permitida no visto e-Conference. (ênfase adicionada)
Assim, você precisará de duas eVisas para os três portos indianos.