Não. A bilheteria pode vender algumas coisas que os sites não podem (principalmente roteiros complicados), mas por um simples voo de ida ou retorno, eles acessam as mesmas tarifas.
Normalmente, você paga uma taxa de manuseio para comprar um bilhete pessoalmente em uma bilheteria do aeroporto, além da tarifa normal.
Por isso, é quase sempre melhor comprar on-line.