Geralmente - e através de múltiplas edições - criaturas grandes o suficiente para engolir outras criaturas causam dano acídico às vítimas engolidas. Por exemplo, Dire Shark no 3.5E ou Giant Frog em 5E, ou Behir em ambas as edições ( 3.5E , 5E .
Como, como você observou, isso impede a regeneração (novamente, entre as edições), acho que isso resolve o problema, pelo menos para criaturas com biologia semelhante. É fácil extrapolar a partir daí que, em geral, estar em um estômago causa dano ácido, mesmo que seja em menor escala para criaturas que têm que mastigar sua comida primeiro.
Para monstros esquisitos ou aberrantes estranhos com algum outro tipo de digestão, eu acho que vai depender dos detalhes de como exatamente essa biologia funciona e a mecânica da regeneração de trolls na edição que você está usando - e em seu mundo.