Na maior parte, é uma questão de conveniência e a rapidez com que você passa por um novo suprimento de temperos nas quantidades que você compra.
Praticamente todas as especiarias secas durarão melhor e serão mais aromáticas e saborosas se forem armazenadas inteiras. Isso se aplica a folhas, sementes, casca, o nome dela.
Alguns temperos realmente duros como a noz-moscada podem não ser apropriados para o moedor de café (talvez se você quebrá-lo primeiro?), mas esses são pelo menos grandes o suficiente para obter uma boa aderência para a mão.
Uma exceção para mim seria misturas especiais de temperos pré-misturadas que às vezes têm ingredientes que seriam realmente difíceis de rastrear, ou que você pode ter que comprar em quantidades muito maiores do que você pode razoavelmente usar. (Se você puder obter todos os ingredientes com facilidade, provavelmente será melhor misturá-lo às suas próprias preferências e nas quantidades necessárias.)
Outra exceção na minha cozinha é hing (asafetida), que é uma resina que em sua forma pura é extremamente picante e eu acho difícil trabalhar com ela. O pó hing preparado comercialmente é geralmente diluído com farinha de arroz e é muito mais fácil de usar em quantidades apropriadas.