O principal é que nem todo vôo é o mesmo. Às vezes, o trem de pouso é deixado por mais tempo para reduzir o ruído, às vezes ele sai mais cedo se for necessário mais arrasto. Em uma abordagem não direta, às vezes é uma boa ideia estender o equipamento mais cedo. Se os freios esquentarem demais no táxi antes da decolagem, o equipamento pode precisar ser deixado um pouco para baixo, para um resfriamento extra.
Os flaps são um pouco diferentes, pois normalmente são definidos para uma determinada velocidade, mas o princípio ainda se aplica. Por exemplo, se for encontrada turbulência que afeta a velocidade no ar, ter o piloto automático movendo as abas no segundo em que a velocidade de movimento do flape é acionada é inútil.
Basicamente, estas são coisas que requerem o julgamento ativo dos pilotos considerando os fatores individuais daquele voo específico. É impossível automatizar tudo isso de forma satisfatória, mesmo com o pré-planejamento. Mesmo se você pudesse, isso introduziria ainda um excesso de confiança na automação por muito pouco ganho.