1) O link que você dá refere-se a um novo passe regional cobrindo o leste de Honshu e o sul de Hokkaido, não para o passe nacional. Se você tiver um passe nacional, será válido.
2) Não há taxas adicionais, mas lembre-se de que as reservas de assento são obrigatórias em todos os Shinkansens, pelo menos entre Shin-Hakodate-Hokuto e Morioka (embora no seu caso você provavelmente faça uma reserva até Sendai). Você pode reservar um balcão de qualquer estação JR no Japão a qualquer momento, desde que haja assentos disponíveis. (A partir de agora, todos os Shinkansens entre Shin-Hakodate-Hokuto e Sendai em 28 de março têm lugares disponíveis.) Você também pode reservar on-line entre Shin-Aomori e Sendai, mas não entre Shin-Hakodate-Hokuto e Shin-Aomori.